税務調査が入ったことにより修正申告をしなければならなくなった場合には最初に申告した税額との差額分を納税しなければなりませんが、それに合わせて過少申告加算税や重加算税などのペナルティも納税する必要があります。

では、申告書の計算が単純な電卓ミスで間違っており、申告書を提出した直後に税務署から「計算が間違っているので修正申告書を提出して下さい」と言われた場合もやはりペナルティを納税する必要があるのでしょうか?

これに関して国税庁ホームページ「税務調査手続に関するFAQ(一般納税者向け)」に記載があります。

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Q.税務署の担当者から電話で申告書の内容に問題がないか確認して、必要ならば修正申告書を提出するよう連絡を受けましたが、これは調査なのでしょうか。

A.調査は、特定の納税者の方の課税標準等又は税額等を認定する目的で、質問検査等を行い申告内容を確認するものですが、税務当局では、税務調査の他に、行政指導の一環として、例えば、提出された申告書に計算誤り、転記誤り、記載漏れ及び法令の適用誤り等の誤りがあるのではないかと思われる場合に、納税者の方に対して自発的な見直しを要請した上で、必要に応じて修正申告書の自発的な提出を要請する場合があります。このような行政指導に基づき、納税者の方が自主的に修正申告書を提出された場合には、延滞税は納付していただく場合がありますが、過少申告加算税は賦課されません(当初申告が期限後申告の場合は、無申告加算税が原則5%賦課されます。)。
なお、税務署の担当者は、納税者の方に調査又は行政指導を行う際には、具体的な手続に入る前に、いずれに当たるのかを納税者の方に明示することとしています。

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このように単なる計算誤りを税務署から指摘されて修正申告書を提出した場合には「調査」ではなく「行政指導」となるのでペナルティは発生しない、ということになります。

しかし、実は今までは実務上こういったケースでもペナルティを課されるということが発生していたようです。

納税者も顧問税理士も「計算誤りは事実だから仕方がないか」と特に疑問を抱かずに素直に応じるケースが多かったようですが、本来であれば払う必要のないものでした。

もしもこのようなケースに遭遇した際にはFAQにもあるように必ず「これは調査ですか?それとも行政指導ですか?」と確認するようにして下さい。

「行政指導です」と言われたら「でしたら過少申告加算税は発生しませんよね?」と念を入れておけば完璧です。